Załoga :
 

Jurij P. Gidzenko	KK	2 lot, RAKA, Rosja
Siergiej K. Krikalow	BI1	5 lot, RAKA, Rosja
William M. Shepherd	BI2	4 lot, NASA, USA

Dublerzy :
 

Władimir N. Dieżurow	KK	2 lot, RAKA, Rosja
Michaił W. Tiurin	BI1	1 lot, RAKA, Rosja
Kenneth D. Bowersox	BI2	5 lot, NASA, USA

Orbita :

i=51,57°; h=374-391 km

Przebieg lotu :

Start nastąpił 31.10.2000 o 07:52:47,241 z wyrzutni LC1 kosmodromu Bajkonur. Satelizacja w T+8m 50s, wysokość orbity początkowej 182-233 km. Pierwszy manewr wykonano o 11:27 (orbita 205-264 km), drugi o 12:09 (245-271 km).

01.11.2000 o 08:49 wykonano kolejny manewr zmiany orbity.

02.11.2000 o 07:25 wykonano pierwszy z serii sześciu manewrów, w wyniku których statek zbliżył się do ISS. Drugi manewr wykonano o 07:47, kolejny o 08:06. Ostatnie trzy korekty zostały wykonane pomiędzy 08:45 a 08:55.  Połączenie z ISS nastąpiło o 09:20:57 (pierwszy kontakt) poprzez "tylny" (-Y) węzeł modułu Zwiezda. Procedura dokowania została zakończona o 09:29. O 10:23 pierwsza stała załoga stacji kosmicznej weszła na pokład ISS i rozpoczęła jej aktywację. W pierwszym seansie łączności załoga zwróciła się do dyrektora NASA, Dana Goldina, z prośba o zgodę na używanie  dla stacji nazwy Alfa. Zgoda taka została udzielona, jednak Goldin wyraźnie zaznaczył, że jedynie na czas lotu pierwszej stałej załogi.

W trakcie pierwszego tygodnia pobytu (02-09.11.2000) załoga wykonała następujące prace: skontrolowała systemy łączności, aktywowała toaletę i podgrzewacze do żywności, zakonserwowała statek transportowy Sojuz, rozpoczęła ładowanie baterii zasilających różnorodne urządzenia i narzędzia, zainstalowała kanały powietrzne pomiędzy modułami Zarja i Zwiezda. Został aktywowany zegar centralny, systemy alarmowe, sieć komputerowa i laptopy. Uruchomiono system absorbcji dwutlenku węgla Wozduch i przygotowano do uruchomienia system generacji tlenu z wody odpadowej Elektron. Uruchomiono system klimatyzacyjny, zainstalowano system wygaszania drgań bieżni TVIS. Naprawiono jedną z dwóch niesprawnych baterii modułu Zwiezda oraz zainstalowano elementy systemu TORU (zdalnego sterowania zbliżeniem i połączeniem statków Progress). 08.11.2000 nastąpiło samoczynne wyłączenie systemu klimatyzacji, prawdopodobnie z powodu nagromadzenia się nadmiernej ilości wody w zbiorniku skraplacza. W związku z tym polecono załodze zaprzestać ćwiczeń, aby zmniejszyć emisję pary wodnej z potu do atmosfery ISS. Awarię udało się usunąć jeszcze tego samego dnia, jednak w dniu nastepnym sytuacja powtórzyła się. 09.11.2000 został
uruchomiony system Elektron. Tego samego dnia został ogłoszony alarm radiacyjny, w związku z dużym wybuchem na Słońcu (klasy M8). Przez dwie doby załoga będzie spała w tylnym przedziale Zwiezdy - najlepiej chronionym przed promieniowaniem pomieszczeniu stacji.

18.11.2000 o 03:08 miało nastąpić automatyczne dokowanie statku Progress M1-4 do "dolnego" węzła modułu Zarja. Jednak począwszy od odległości kilkudziesięciu metrów system zbliżania nie mógł nakierować się na cel, w związku z czym o 03:02 Jurij Gidzenko aktywował system TORU i doprowadził o 03:48 do ręcznego połączenia. Pierwsza załoga stacji rozładowała Progressa do 24 listopada (ponad 2 tony ładunku), a następnie przeniosą na jego pokład wszystkie odpady w celu ich zniszczenia wraz z samym statkiem przed zaplanowanym na początek grudnia połączeniem z wahadłowcem Endeavour w czasie lotu STS-97.

01.12.2000 o 16:22:53 statek transportowy Progress M1-4 odcumował od ISS. Obecnie rozważana jest możliwość ponownego przycumowania transportowca w drugiej połowie grudnia, w celu zabrania śmieci.

03.12.2000 o 09:38 załoga stacji po raz pierwszy weszła do modułu Unity, aby odebrać pozostawione tam dzień wcześniej przez załogę STS-97 elementy wyposażenia stacji (sprzęt komputerowy, wodę, żywność i prezenty świąteczne). Do tego czasu załoga nie korzystała z Unity, ponieważ przed przyłączeniem baterii słonecznych P6 ilość energii nie wystarczała do jednoczesnego ogrzewania wszystkich modułów stacji.

05.12.2000 załoga stacji weszła ponownie do modułu Unity w celu podłączenia kabli energetycznych z nowo zainstalowanych przez załogę wahadłowca STS-97 baterii słonecznych P6.

24.12.2000 załoga przesłała na Ziemię życzenia świąteczne wszystkim jej mieszkańcom oraz rozpakowała przywiezione ze sobą prezenty.

26.12.2000 o 11:03:16 statek transportowy Progress M1-4 ponownie został przyłączony w trybie zdalnym przez
Jurija Gidzenkę, do "dolnego" węzła cumowniczego modułu Zarja.

29.12.2000 załoga Międzynarodowej Stacji Kosmicznej przekazała w porannym seansie łączności życzenia noworoczne dla wszystkich ludzi: "...niech odyseja kosmiczna trwa dalej w 2001 rok...". Odpowiadali także na pytania reporterów i stwierdzili, że przynajmniej raz, a najpewniej dwa razy będą witać uroczyście Nowy Rok. Stacja co prawda obiega Ziemię 16 razy na dobę i załoga będzie miała 15 wejść w strefę 2001 roku, ale załodze chodziło o świętowanie tego wydarzenia w tym samym czasie, co kontrola lotu w Rosji i w USA.

08.02.2001 o 11:26:04 od stacji odłączył się transportowiec Progress M1-4.

W dniach 09-16.02.2001 załoga współpracowałą z załogą promu Atlantis (misja STS-98).

24.02.2001 o 10:06:40 odcumowano statek Sojuz z załogą od modułu Zwiezda. Po podejściu do "dolnego" węzła cumowniczego modułu Zarja o 10:35:44 nastąpiło połączenie obu statków. Sojuz był sterowany przez Jurija Gidzenkę. Cała operacja przedokowania Sojuza trwała 29 min 4 s i była przygotowaniem miejsca dla statku transportowego Progress M-44, którego start zaplanowany jest na 26.02.2001 o 08:09. O 13:40 nastąpiło otwarcie luku i ponowne wejście załogi na pokład stacji.

28.02.2001 o 09:49:47 statek transportowy Progress M-44 połączył się w trybie automatycznym ze stacją, od strony tylnego węzła modułu Zwiezda.

10.03.2001 o 06:38 wahadłowiec Discovery (misja STS-102) połączył się ze stacją. Tego samego dnia, o 10:34 rozpoczęto proces wymiany stałej załogi stacji, poprzez zainstalowanie w statku ratowniczym Sojuz TM-31 fotela anatomicznego Jurija Usaczowa w miejsce fotela Jurija Gidzenki. Podobną procedurę zastosowano ponownie 12.03.2001, kiedy to w miejsce fotela anatomicznego Siergieja Krikalowa został zainstalowany fotel Jamesa Vossa. 14.03.2001 o 06:00 zakończono proces wymiany stałej załogi stacji. W miejsce fotela anatomicznego dowódcy pierwszej ekspedycji, Williama Shepherda w statku został zainstalowany fotel Susan Helms.

19.03.2001 o 04:31:52 nastąpiło odłączenie Discovery od ISS i formalnie rozpoczął się pobyt drugiej stałej załogi ISS. O 15:00 na stacji rozległ się sygnał alarmu pożarowego.  Prawdopodobną przyczyną fałszywego, na szczęście alarmu był czujnik dymu w laboratorium Destiny, który został zatkany pyłem nagromadzonym podczas rozpakowywania ładunków dostarczonych w misji STS-102. Ponieważ w chwili ogłoszenia alarmu automatycznie zostały wyłączone wentylatory (oprócz modułu Unity), po stwierdzeniu, że alarm był fałszywy,
załoga chciała rozpocząć procedurę ich ponownego włączenia. Niestety, okazało się, że jedyna dostępna na stacji procedura znajduje się w jednym z laptopów, które z niewiadomych przyczyn również wyłączyły się w chwili ogłoszenia alarmu. Załodze udało się jedynie uruchomić system wentylacji w module Zwiezda. W tej sytuacji zdecydowano, że ponowne uruchomienie systemu wentylacji zostanie wykonane zdalnie przez kontrolę misji w Houston. Wentylatory w Destiny zostały ponownie uruchomione o 16:20.

Powrót załogi startowej nastąpił 21.03.2001 o 07:31:41 w misji STS-102. Czas trwania lotu: 140d 23h 38m 54s.

16.04.2001 o 08:48 transportowiec Progress M-44 odłączył się od stacji.

18.04. o 12:40:20 Sojuz TM-31 odłączył się od dolnego węzła cumowniczego modułu Zarja Międzynarodowej Stacji Kosmicznej ISS. Po wykonaniu oblotu stacji w odległości około 150 metrów, pilot statku, Jurij Usaczow przycumował go ponownie o 13:00:50 do stacji, ale tym razem do tylnego węzła Zwiezdy. Manewr ten stworzył bezpieczny zapas miejsca manewrowego dla modułu MPLM, który zostanie dowieziony do stacji w misji STS-100.

21.04.2001 o 13:59:07 wahadłowiec Endeavour (misja STS-100) połączył się ze stacją, a 29.04.2001 o 17:34 oddzielił od niej.

30.04.2001 o 07:57:47 nastąpiło połączenie z Sojuzem TM-32. Po południu wykonano zamianę indywidualnych foteli anatomicznych pomiędzy statkami Sojuz TM-31 a TM-32 i nowy statek został "szalupą ratunkową" stacji.

06.05.2001 o 02:21:09 statek odcumował od stacji. O 04:47:17 rozpoczęto manewr deorbitacji (2 minuty 55 sekund, zmniejszenie prędkości o 111 m/s). Ze względu na błędne wskazania czujnika układu orientacji, cyklogram lądowania został zmieniony na zapasowy. Niestety Musabajew popełnił drobny błąd, w wyniku którego statek został podczas hamowania aerodynamicznego poddany opóźnieniom sięgającym 6-7G, co oznacza, że był na granicy balistycznego. Lądownik osiadł w pobliżu torów kolejowych o 30 km na wschód od planowanego rejonu lądowania.

Lądowanie 82 km N-NE od Arkałyku w Kazachstanie 06.05.2001 o 05:41:28 z załogą:
 

Tałgat A. Musabajew	7d 22h 04m 08s
Jurij M. Baturin	7d 22h 04m 08s
Dennis A. Tito	7d 22h 04m 08s

Z powodu silnego wiatru po przyziemieniu lądownik został pociągnięty około 15 m przez spadochron.

Czas lotu statku:  186d 21h 48m 41s.